Thời kỳ này nhiều cuộc khởi nghĩa của nhân dân các dân tộc ở Hà Giang liên tục nổ ra, trong đó có cuộc khởi nghĩa tiêu biểu của nghĩa quân Sùng Mí Chảng, dân tộc Mông. Sinh ra và lớn lên trên quê hương Đồng Văn, Sùng Mí Chảng chứng kiển cảnh giặc Phảp ngày ngày cướp bóc, đàn áp, đánh đập đồng bào không kể dân tộc nào, không kể già, trẻ, trai, gái. Chúng chặn đường không cho người miền xuôi đem muối cho đồng bào miền núi, bắt dân trồng thuốc phiện cho chúng… Bất bình trước cảnh đó, năm 18 tuổi Sùng Mí Chảng đứng lên vận động mọi người: "Giặc Pháp ác hơn thú dữ. Người Mông ta không sợ chúng". Em gái Sùng Mí Chảng là Sùng Thị Mỷ cũng đi tập hợp các bạn gái họp bàn dấy binh khởi nghĩa. Cuộc họp bí mật diễn ra trong hang sâu, họ uống máu ăn thề chung lòng góp sức đánh giặc Pháp. Sùng Mí Chảng được suy tôn là thủ lĩnh nghĩa quân. Nghĩa quân của Sùng Mí Chảng ngày càng lớn mạnh với hàng ngàn người được trang bị súng kíp, dao, mã tấu.

Sùng Mí Chảng tập hợp quân sỹ, chọn núi Tù Sán là trung tâm căn cứ; dương cờ ngũ hành tụ nghĩa mang chữ Sùng (Hùng) trên nền đỏ viền xanh, tím, vàng, trắng; ráo riết tập súng, tập nỏ, luyện mã tấu gươm đao. Đồng thời vận động mọi người không đi phu, đi lính, không nộp thuế cho Pháp và thổ ty.

Mùa xuân năm 1903, nghĩa quân Sùng Mí Chảng tiến vào bao vây đánh chiếm Đồng Văn. Chi trong chớp nhoáng nghĩa quân đã tiêu diệt hết bọn lính Pháp, tịch thu vũ khí, làm chủ Đồng Văn. Đặc biệt cắt được đường liên lạc Đồng Văn - Bảo Lạc đường giao thông thuận lợi nhất trong việc hành binh của thực dân Pháp. Những chiến công đầu đã làm mọi người vui sướng, khắp các làng bản đâu đâu cũng lan truyền về những chiến binh tài giỏi dưới ngọn cờ của Sùng Mí Chảng. Bọn Pháp và tay sai vô cùng khiếp sợ và tức tối.

Đến năm 1905 một số tay sai lọt vào hàng ngũ nghĩa quân tìm cách sát hại thủ lĩnh Sùng Mí Chảng và ông đã bị bắt. Bắt được Sùng Mí Chảng, thực dân Phảp dùng mọi thủ đoạn để mua chuộc như cấp tiền cho em Chảng đi học ở trường địa phương, cung cấp muối, vải vóc, bạc già... cho gia đình Chảng, nhưng vẫn không lung lay được ý chí căm thù gíặc cùa Sùng Mí Chảng. Với ý đồ ly gián nội bộ nghĩa quân, bọn thực dân Pháp đã thả Sùng Mí Chàng về Đồng Văn. Sùng Mí Chảng tỉếp tục tập hợp nghĩa quân và lần này nghĩa quân lập căn cứ trên núi Mã Lồ, thuộc xã Lũng Chinh huyện Mèo Vạc ngày nay. Trong thời gian này, nghĩa quân Sùng Mí Chảng đã nhiều lần chống trả thực dân Pháp. Quân Pháp buộc phải tăng cuờng lực lượng từ Hà Nội lên bao vây tiến đánh nghĩa quân. Tháng 4/1912, Sùng Mí Chảng lại bị bắt ở Má Pắng, bị tra tấn, đánh đập dã man, ông hy sinh khi mới 28 tuổi.